Troyanos y spyware normalmente se infiltran en las distintas entradas de la carpeta de inicio, pudiéndose activar con el siguiente inicio del sistema.
Así un buen programa antispyware dispondrá de componentes que comprobarán las áreas de inicio. Windows Defender también cuenta con este tipo de herramientas.

Si no disponemos de ningún antispyware, es posible utilizar herramientas especiales que comprueban y gestionan estas áreas.

Tenemos herramientas como puede ser Sysinternals Autoruns,que nos ayudaran a configurar el arranque de windows. Una vez que tengamos descargada e instalada la herramienta encontramos todas las entradas bajo las distintas pestañas. Si desactivamos una opción, no será cargada en el próximo inicio pero sí podrá reactivarse otra vez cuando la necesitemos. Desactivamos un elemento cada vez y reiniciamos.

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