Si quieres borrar los elementos de la lista desplegable en la casilla de Inicio->Ejecutar debes seguir los siguientes pasos:

Abrimos el Regedit y con el propio Inicio -> Ejecutar escribimos Regedit.exe

Una vez ejecutado buscamos la clave:

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\RunMRU

Haz clic en esta carpeta y ya puedes eliminar las entradas que no quieras que aparezcan. Las entradas de nuestras ejecuciones, son las que tienen el abecedario. No elimines los elementos restantes de la lista MRUList , Predeterminado.

La próxima vez que abras el Windows el cambio habrá surtido efecto.