Necesitarias convertir ambos videos primero y luego hacer una autoria DVD con los mismos, no se si el WinAVI permite hacer todo el proceso, es decir tendria que dejarte cargar mas de un video cuando elegis crear un DVD. Sino lo que debes hacer es convertir a MPG siguiendo el estandar DVD, pero sin crear la estructura de uno, es decir que te genera un archivo MPG en ves del conjunto VOB, IFO y BUP. Luego usas un programa de autorias como ser
este para finalmente cargar ambos videos MPG que crees y asi crear con los dos una sola estructura DVD-Video lista para grabar.
No podes crear dos estructuras y grabarlas juntas, eso no funciona, por eso que si el WinAVI te permite cargar mas de un video podes seguir usandolo directamente, pero eso que te lo confirme alguien mas, yo no lo uso al programa.