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Hola a_sabino.
La principal diferencia en términos de ventajas entre ambos sistemas de archivos, es cómo se maneja la memoria virtual. NTFS hace un uso mucho más eficiente. Degraciadamente NTFS no es compatible con WinMe, y también existe el problema de que Windows XP funcionando sobre FAT32 es como irte de Tokio a Londres en una carreta tirada por dos chihuahuas. Ahora, lo que si puedes hacer es reparticionar tu disco. O sea, del espacio libre, crea una partición NTFS e instala en ella Windows XP (en el instalador de XP tienes la opción de reparticionar el espacio libre). No te preocupes por la selección de sistema que al instalar Windows XP aparte de otro Windows anterior, crea automáticamente un selector de arranque.
Saludos.
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