este es un tutorial de cómo compilar el kernel en debian de manera que quede en paquetes .deb y sea facil desinstalarlo e instalarlo.
lo primero es tener las herramientas necesarias.
binutils

e2fsprogs

tune2fs

gcc

make

module-init-tools

procps

util-linux

kernel-package

initrd-tools

libncurses-dev

todos estos los podeis instalar haciendo como root
apt-get install nombre
aunque tambien se puede hacer mediante synaptic
si lo que quieres es tener la última version(poco aconsejable)
vas a kernel.org y te vajas el paquete completo(la F de full)
si te lo bajas, con este metodo no necesitas salir del directorio /home, en caso de que instales las fuentes desde apt-get o synaptic estan en /usr/src/entra al que quieras compilar(normalmente el de la version más reciente)
ahora si te lo has vajado crea por ejemplo un directoria llaamdo kernel
mkdir ./kernel
y mueve el archivo ahí(el kernel que yo voy a poner es el 2.6.15)
mv ./linux-2.6.15.tar.bz2 ./kernel
si el archivo terminava en .tar.gz cambia el bz2 por gz
entra al directorio kernel
cd ./kernel
y descomprimelo
tar xvjf ./linux2.6.15.tar.bz2
o
tar xvzf ./linux-2.6.15.tar.gz
y entra al directorio recien creado
cd ./linux-2.6.15
ahora veras muchos archivos, ese es el codigo del kernel, se podria compilar ahora, pero no esta debidamente configurado. la mejor manera es unsar la configuracion del kernel actual. por lo que haces(si el ekrnel viejo era 2.6.8-686 si no lo es sustituye por loq ue aparewzca con el comando
"uname -r " sin las comillas)
cp /boot/config-2.6.8-686 ./.config
ya esta
ahora simplemente ejecuta
fakeroot make -kpkg --initrd -append-to-version .fechakernel binary binary
y tras algun tiempo normalmente prolongado (vete al bar de la esquina)esto te crea lo paquetes .deb del kernel nuevo, ls cuales al instalarse ya se crean ellos solitos una entrada en el arranque

ya esta, de todas maneras aconsejar que n hagais esto a menos que sea imprescindible, y que los modulos que compilasteis parte los teneis que volver a compilar.