Sin lugar a dudas que te recomiendo el Macromedia Flash en cualquiera de sus versiones, si bien es bastante complejo el tema de dibujar en el mismo, mediante los filtros de importacion se logran muy buenos resultados.
Lo que yo hago es por ejemplo dibujar en otro programa y luego animar en flash, ( un buen tip: es exportar en extensión PNG asi el FLASH conserva la transparencia del dibujo para poder utilizarlo en cualquier fondo, cosa que no pasa si hacemos un JPG,BMP o GIF )