Creo que no ocasiona ningun problema que tengas una paticion en FAT32 y otra en NTFS, pero pr si me equivoco espera mas respuestas.
Pero lo de FAT32, para que sistema operativo lo has hecho? Si quieres tener dos Windows instalados en la maquina, lo logico es que tengas dos particiones NTFS. A no ser de que te qieres instalar Windows 98, que necesita FAT32.
Un saludo!!