Haz esto para ver si ese programa esta atacando tu PC.
Al archivo de MSN del escritorio, ponle segundo botón y propiedades. y luego ponele buscar destino.
Cuando se abra una nueva carpeta, aparecerá un archivo ya marcado que será al que hace referencia el acceso directo, a este archivo le haces segundo botón y ves sus propiedades.
Tiene que pesar entre "4MB y 5,41 MBMB", de lo contrario el acceso directo hace referencia a un archivo externo que es el que altera el funcionamiento de MSN MESSEGNGER.
Si es eso lo que sucede, Reinstalar MSN Messenger solucionaría el problema.
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saludos !