el comando más util sería
sleep 5; import window -root ventana.png
la extensión da igual, pero en este caso el sistema espera 5 segundos para tomar una captura.
si no quieres escribir tan rápido, puedes hacer un script:
CODE
#!/bin/sh
sleep 5; import window -root $1
lo guardas en /usr/bin como captura.sh por ejemplo
y le das permisos de ejecución con chmod +x captura.sh
(estando en el directorio /usr/bin)
y para tomar una captura puedes ejecutar
captura.sh ventana2.png
y se guardará como ventana2.png