Qué puertos tienes abiertos? Lo digo por si tienes abiertos los típicos: 4662, 4672. Es que algunas compañías de Internet cierran esos puertos aposta. Si tienes esos, prueba abrir otros. Más cosas que pueden ser no se me ocurre nada.

. También prueba desinstalando y volviendo a instalar eMule, pero bajandotelo desde su página Web Oficial:
Descargar eMuleUn saludo!!