Primero que nada, no es recomendable JAMAS instalar un pack de codecs, puede que te haga un lio enorme en tu pc y que termines viendo ni escuchando NADA, lo mas recomendable seria desinstalar eso, limpiar registro con CCleaner e instalar XviD AC3Filter y ffdshow, sin embargo paso a responder tu pregunta.
Como sabemos los ffdshow son flitros codificadores/decodificadores, el icono rojo significa que estos estan decodificando el video que estas reproduciendo y el azul el audio (lo menciono por si no lo sabias), lo mismo pasa cuando utilizas estos filtros para convertir un video a otro formato.
Si queres que no aparezcan mas en la barra tenes que ir a la configuracion de los ffdshow de vide, por el menu inicio, luego en el menu de la izquierda vas a "Tray, dialog and paths" y en donde dice "Tray icons" le pones "None" de esa manera no se te mostraran mas los iconos (ni el de video ni audio) cuando ffdshow este codificando/decodificando.
Saludos