Hola Amigo.
Haber si entiendo, soy un poco duro para entender por hay..
Tienes archivos iguales, repetidos pero con distintos nombres, asi es la cosa?
Puedes hacer esto.. Entras a menu inicio / buscar / buscar archivos o carpetas.
Si los archivos repetidos son los mismos, busca una copia cualquiera de un archivo, y fijate que tamaño tiene..
Ahora en buscar archivos o carpetas pon en el menu "que tamaño tiene" y luego en "especificar tamaño en KB".
Ahora inserta hay el tamaño de los archivos repetidos y dale en busqueda (ovbiamente antes pon en que discos duros buscar los archivos).
De este modo empezarán a salir todas las copias de estos archivos, y los marcas a todos y los eliminas y listo..
Espero que te sirva mi técnica, jeje.
un saludin