Hola
fqts.
Aunque cada software de escaneo pueda ser diferente supongo que tendrás intuición para encontrar lo que te indico, son los pasos que debo dar en mi escaner:
En la ventana donde seleccionas la carpeta de destino, tipo de archivo, etc. debería aparecer un botón o una opción que diga:
Escaneo múltiple o algo similar, al seleccionar ese Modo podrás ir introduciendo documentos en el escaner y formarán, al final, un único archivo.
De todas formas si tienes el Manual del escaner deberías encontrar esa función ya que es muy utilizada, y de no tenerlo acudir a su web y ver si ofrecen el manual para su consulta o descarga.
Saludos.