Yo también creo que reinstalando el Firefox terminarías con el problema. Para hacer un respaldo de tus marcadores, estando en Firefox:
Menú
Marcadores-->Administrar marcadores-->Archivo-->Exportar-> y en la ventana que te aparece eliges la ubicación para guardar tus marcadores.
Para recuperarlos después de la reinstalación de Firefox:
Lo mismo que lo anterior pero con la opción
Importar, y así recuperas todos tus marcadores.
Saludos.