No debes usar la entrada de microfono, sino la de Linea (Line-In).
Podes usar el
Audacity, editor de audio capaz de capturar por supuesto, y de paso ademas claro podes realizar una gran cantidad de edicion sobre el audio. Es gratuito y esta en español. Para comprimir a MP3 necesitas descargar aparte el encoder LAME.
O tambien esta el
Audiograbber, tambien gratuito y con traduccion al español, y quizas sea mas simple de usar ademas de que creo puede exportar directamente a MP3.