Lo mas sencillo instalar directamente uno en cada disco duro. Si va bien te deberia dar la opcion de escoger en cual entrar sin problema siempre y cuando sea el mismo windows. Si son dos distintos debes instalar primero el mas antiguo.
Mejor aun seria tener cada disco con dos particiones creadas. Usando uno para el sistema y los programas y otro para tus datos y documentos , de esta forma caso de formatear solo formatearias la particion del sistema y bo perderias ninguno de tus documentos.
Entonces:
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1. Al instalar un Windows XP en cada HDD me dara la opcion automaticamente de con cual quiero bootear al iniciar el pc?
Si, siempre y cuando lo hagas como te indico antes si no son el mismo windows o la misma version.
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2. Hay alguna forma de hacer como si fueran dos PC's Indepentiendes? Es decir, que sea imposible que pueda entrar m....da/virus y demas de un HDD al otro
Cada sistema sera independiente de pos si, y no se infectaran los dos a no ser que tu mismo copies o ejecutes el virus por error.
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3. Quisiera tener toda la musica tanto en un HDD como en el otro, hay alguna forma que no sea tener la carpeta por duplicado tanto en uno como en el otro?
Mientras el sistema de archivos de ambos discos sea NTFS(recomendable) veras y podras usar los mismos archivos desde los dos sistemas.
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4. Que le pondriais para audio SP2 o SP3?
Co esto no entiendo que quieres decir. SP2 y SP3 son service packs que han salido para actualizar el xp y siempre es recomendable tenerlo actualizado pero no se a que te refieres con el audio en relacion con esto.
Un saludo.