A ver si te entendí bien: ¿cargaste
el mismo SO en ambos discos?
Lo clásico, en doble booteo, es trabajar con dos SO distintos, básicamente por compatibilidad de programas y/o periféricos. O para trabajar en uno bien conocido mientras se aprende a manejar el otro.
Pero en fin... para gustos los colores.
La respuesta a tu pregunta es
SÍ, se puede. Quizás cargues algunas librerías 2 veces, innecesariamente. O se haga más lento el inicio del programa y el guardado de los documentos.
Pero todo lo que necesita un SO para llamar a un programa es conocer la ruta de su ejecutable.
O sea que cuando instales un programa, digamos en el disco
C, deberás hacerle un acceso directo en el disco
D que apunte al ejecutable que está en el disco C.
Sin embargo, encuentro un contrasentido: con este método -a mi entender- estás desperdiciando espacio, en lugar de ahorrarlo como dices que es tu
objetivo.
Chau.