hola:
Bueno, pueden ser varias cosas. Por ejemplo puede ser q tu BIOS no este detectando tu disco duro o q este no este entre las opciones de booteo dentro de tu BIOS por alguna razon. También puede ser q tu boot.ini se haya corrompido.
Así q lo primero q podrias probar es de entrar al BIOS y ver q tu disco duro este siendo detectado y q este entre las opciones de booteo. O también puedes apretar F8 u F11, dependiendo de como es en tu compu, para q t aparezca un menú con las opciones de booteo, y escoges q lo haga desde tu disco duro.
Si no es nada de esto, consigue un disco de inicio de otra compu q tenga win98SE y ves de reparar el sistema.