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En un principio la migración automatica del VS 2003 sustituye algunos comandos/procedimientos por los actuales y otros utiliza la libreria "microsoft.visualbasic" para implementarlos. Aun asi, en el caso de que en la migración posea algunas funcionalidades dudosas, este te indica en donde ha fallado, es ahi con un poco de paciencia donde puedes ir sustituyendolo por las nuevas funcionalidades de .NET. Aun asi, el VS te facilita informacion a veces de como puedes corregir los "errores". Como aludes al uso de criptografia, deberas de realizar importaciones del "System.Security.Cryptography" para suplir (mas bien mejorar) algunas de tus funciones. El problema de la migración surge mas cuando tienes que pasar aplicaciones winforms, ya que a veces, algunas propiedades de los controles usados no lo soporta el .NET (ejemplo el DDE).
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