Hola compa,
Intente borrar la partición y crea una nueva utilizando fdisk.
Después formate con la opción format c: /C (se no logra éxito, utilize format c: /U /C)
Ahora:
Entre en el directório Win98 de CD y haga:
md c:\win98
copy *.* c:\win98
c:
cd win98
scandisk /autofix
instalar /IS /IE /IW
Si asi mismo no consigues, intente instalar nuevamente, ahora con un nuevo comando:
instalar /c
El proceso de instalación será muy despacio, pero más confiable.