Aunque lo recomendable en cualquier equipo informático que comience a dar significativos fallos por defectos, daños o borrado de elementos claves que qiebra la estabilidad del sistema operativo es formatear y arracar de nuevo me gustaría preguntaros.... ¿Es posible reinstalar Win 98 recuperando los elementos claves de estabilidad sin perder la información o configuración del equipo?
La cuestión es que me interesa intentar dar -una cierta garantía de estabilidad- dado que entra dentro de una red ciertamente compleja consecuencia de un programa de gestión algo delicado.......

Hola, creo entender lo que quieres hacer; si instalas ese programa de gestion en red; la PC que cumple las funciones de servidor, sera la que debe estar protegida y con el correspodiente resguardo de base de datos de clientes o lo que sea. Como minimo un backup diario en una unidad externa (ejemplo ZIP IOMEGA u otro similar). Las otras PCs de la red solo veran la base existente en la PC servidor, por lo tanto no sera grave que una PC falle, ya que lo unico que tendrias que hacer es ver si es problema de hardware o software y actuar en consecuencia.
Hay varias cosas que podrias hacer si el sistema operativo falla y no perder ni la configuracion de red. No pienses en formatear, o reinstalar ya que casi todo puede arreglarse sin hacerlo

Espero que te sirva
Salu2