Quisiera instalar milenium en un disco de 20 Gb y el 2000 profesional en otro de 60 Gb.
El milenium seria de programas varios y el otro con programas especificos de trabajo.

Primero instalá el milenio en la partición de 20 gb y con fat32, luego de instalado instalás el windows 2000 en la partición de 60 y listo. Recomiendo el 98se antes que el milenio y si el 2000 no tiene fat32 (es recomendable que uses ntfs por seguridad) no vas a poder ver los archivos del 2000 en el milenio pero si viceversa.

Suerte.