A ver si entendí. Lo que querés hacer es cambiar la partición FAT32 a NTFS. Cabe aclarar que windows 98 no lee NTFS y si después querés volver a usar el disco en tu máquina con 98 instalado vas a tener que volver a convertirlo a FAT32.
Para hacer este procedimiento existen programas como el Acronis partition manager o el Patition Magic de Power quest. De lo contrario podés usar el Rannish partition manager u otra cantidad de programas de este tipo que hay en la red. Además de cambiar las particiones podés hacer una infinidad de cosas interesantes.
Espero que te sirva la información. Suerte.