Me sonaba que el webmin tenia las opciones del php pero acabo de mirar el mío y he visto que no.
Yo uso el apache en sus versiones 2.x y en la carpeta de configuracion (en debian /etc/apache2/) hay dos directorios uno llamado mods-available y otro mods-enabled. En el available hay todos los módulos posibles y en el enabled hay enlaces (ln -s nombreArchivo nombreLink) a los archivos de configuracion de los módulos de php y alguno otro. Me extraña que si lo has instalado con el gestor de paquetes de tu distribucion no te lo haya configurado de una manera que al menos funcione. Te dejo un link de como tengo yo estos directorios y enlaces, a ver si tu lo puedes hacer así.