Que diferencia existe entre aplicar las directivas de seguridad en configuracion del equipo con respecto a configuracion de usuario utilizando el gpedit.msc.
Si la aplico a nivel de equipo ¿significa esto que tambien el usuario administrador quedaria limitado por tales directivas?

Sí, las directivas que aplicas en el equipo afectan a todos los usuarios incluido el administrador. Hay una forma para que estos cambios no afecten al administrador pero no la recuerdo porque fue sólo una curiosidad que me dio por buscar una vez (lo suficiente para saber que se puede hacer), búscalo en google y seguro que lo encuentras.
De todas formas si tienes el equipo agregado a un dominio (que no sé si será el caso), aplícale las directivas al tipo de usuario (usuario, usuairo avanzado, etc) desde tu Server, de tal manera que cuando inicie sesión en cualquier equipo del dominio se le aplicarán dichas restricciones.

Checate esto:


http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;es;293655