Checa si tu cooler y tu fuente no tienen problemas y se esten recalentando.. Si el programa de descarga que utilizas no esta generando un error en tu sistema que hace que se reinice.. Verifica si no tienes algun virus o gusano que este por alli..
A mi me pasaba eso, cuando dejaba mi Millenium (lo sé es un OS muy conflictivo) por la noches bajando del Kazza (qué buenos recuerdos) y esté amanecía apagado o reiniciado.
Y todo era por la conexión. Se desconectaba y se reiniciaba mi compu y amanecía reiniciada. Aunque a veces es mejor una PC descargando toda la noche, pero si tienes conexión de banda ancha.