Hay mods de emule que traen la opción de invisible... el "invisible mode" (mod Resurrection, MorphXT, Xtreme, Stullemule, ZZUL Bastard, Beba, Neo Mule, Onyxmule, etc.). También hay programas que sirven para ocultar de ojos indiscretos cualquier aplicación que tú uses, incluso si se inicia con windows.
DoHide (disponible en
http://www.filebot.org/Utilities/Desktop-E.../item2640-1.htm , te lo bajas de la mula si no hay link de descarga ) ... primero hay q ir a las preferencias del emule, y destildar la opción Mostrar---> minimizar en area de notificacion. Luego hay que configurar DoHide para que esconda todos los programas q minimicemos dandole al botón "_" en cualquier ventana que tengamos abierta. También se puede evitar que DoHide se vea en el área de notificación (windows tray). Lo he probado y funciona con cualquier ventana, de cualquier programa... el emule desaparece por completo, y sigue ejecutándose. Para hacer q vuelva a aparecer, simplemente cerramos DoHide desde Cntrl-Alt-supr (buscamos el proceso, cerrar)... y aparecerán todas las ventanas que hayamos minimizado.
@Sonic999P.D.: Claro que si estás con gente que se da un poco de idea en el tema, puede que hagan cntrl-alt-supr y vean que estás ejecutando emule.exe ... qué hacemos ante eso? simplemente renombrar el emule.exe a alguna cosa relacionada con windows (ejemplo: winpppoez.exe ), cosa q no se animen a cerrarlo

P.D.2: otros programas parecidos:
http://koperfield.en.softonic.com/ie/17057 (Koperfield)
Outtasight 3.2 (
http://www.snapfiles.com/get/outofsight.html )