Es posible que al menos una de las descargas que has realizado con el eMule se haya corrompido y será necesario eliminarla sin entrar a la carpeta. Normalmente los responsables son archivos de video en el formato AVI, sobre todo si en la vista de la carpeta Incoming has seleccionado: 'vistas en miniatura'.
Si ya sabes cual es el archivo problematico, podrías utilizar alguna herramienta para eliminarlo en el reinicio de Windows, por ejemplo puedes hacerlo con el HijackThis.
Lo bajas
aqui, descomprímelo en c:\ ejecútalo, dale a 'Open the Misc Tools section' >> delete a file on reboot >> selecciona el archivo a borrar >> acepta y reinicia.