Borrar la lista de mensajes no leídos que queda guardada en el inicio de sesión del Messenger y mostrados también en la pantalla de bienvenida durante el inicio de sesión se puede llevar a cabo mediante la edición del registro

Para ello iniciaremos la herramienta regedit.exe desde el menú Inicio->Ejecutar->regedit

Una vez abierto navegaremos hasta la clave
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\windows\CurrentVersion\Unreadmail
En esta clave, encontraremos todas las cuentas de correo existentes.

Señalando cada una, en el arbol q se despliega en la parte de la derecha, veremos un valor DWORD MessageCount cuyo contenido tendremos que poner a 0 para que no te vuelva a indicarnos la pantalla de bienvenida el número de mensajes sin leer.