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Se recomienda Linux para Webs programadas en PHP + MYSQL
Se recomienda Windows para Webs programas en ASP o ASP.NET +SQL
En lo general, los servidores basados en Linux son mejores, mas estables y hacen mejor uso de los recursos, mientras los servidores basados en Windows son mas faciles de administrar y cuestan mas por la licencia del sistema operativo.
Si estás contratando un espacio en un server compartido, no necesitas conocer nada de Linux en cuanto son otros los administradores del Server.
Si estàs contratando un Server dedicado, deberías conocer al menos lo basico de un sistema operativo Linux.
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