Lo que puedes hacer es un Self Extractor o como se llame con el winzip, y elejir la carpeta donde esta instalado el prog., pero antes tienes que buscar las llaves de registro que le correspondan al prog. exportarlos y ponerlos en la misma carpeta del prog.
Bueno, luego de hacer eso, creas el exe con el winzip.
Cuando lo quieras volver a "instalar" le haces doble click al exe y extraes todo. Luego con las llaves de registro que pusiste en esa misma carpeta, solamente le haces doble clik para que se auto instalen.
Bueno,...todo esto en teoria, funciona...ahora hay que llevarlo a la practica.