Con el mismo Messenger puedes encriptar conversaciones dale encriptar conversaciones en tu cuenta. Estas solamente encripta las conversaciones hecha por el mismo msg-plus. Si quieres que guarde o encripte las conversaciones pasadas, puedes usarte un programa alternativo como el PGP.
También puedes meterlo en una carpeta y meterle contraseña a la carpeta para que no acceda nadie que no sepa la contraseña, para ponerle contraseña a la carpeta puedes usar un programa llamado HIde Folder XP.