Y qué tal si pruebas con la última versión, que es la 0.47a? Bájate los binarios desde
http://prdownloads.sourceforge.net/emule/eMule0.47a.zip , descomprimes ese .zip a C:\nuevoemule (o el nombre que quieras), y de tu viejo emule sólo copias los siguientes archivos: cryptkey.dat, preferences.dat, clients.met, known.met, server.met, nodes.dat. Y los pones en la carpeta config del nuevo emule. Cuando lo inicies, cancelas el asistente, y te vas a las preferencias. En la sección "Directorios" indicas dónde quedó el temp e Incoming... o si prefieres, directamente cortas y pegas las carpetas temp e incoming viejas en el nuevo emule. Cualquier otra duda sobre esto, lee el tutorial de pasos básicos de eMule:
http://www.trucoswindows.net/foro/topico-3...ione-emule.htmlSalu2.
@Sonic999P.D.: luego si ves que va bien, puedes desinstalar tranquilamente el viejo emule desde Agregar/quitar programas. Este nuevo emule que estás usando, lo puedes borrar directamente a la papelera.