si te has bajado y grabado bien los cd tendrias que hacerlo desde la bios, pero si tu ordenador es antiguo y no te admite el arranque desde cd usa lo siguiente:
http://btmgr.webframe.org/la pagina esta en ingles(si no entiendes usa el traductor de google, por ejemplo

).
para el sistema de ficheros lo más normal es que se usa ext2 o ext3 aunque dependiendo de las necesidades estan reiserFS, XFS, lo mejor es que escojas ext2 o ext3, si es antiguo creo que ext2 consume menios potencia de cpu(creo, no estoy seguro) y si no es antiguo, ext3 es una especie de ext2 mejorado parfa ciertas cosas.