Buenas, a ver a mi me ha pasado un par de veces eso, y.. después de probar 1000 cosas te recomiendo que instales windows, en 1 disco duro de unos 20 gb... es como lo tengo yo en casa, y en otro disco duro con lo que te quede, grabar los temps del emule, las peliculas, los juegos.. etc etc..
Así si te cargas el windows, te aseguras que tus datos están a salvo en otra partición.. como posible primera solucion prueba a instalar windows en D: y pasar los datos de C a D con tal de poder grabartelos en dvd o algo, y después formatea completamente y haz 2 particiones, una para windows y otra para datos
un cordial saludo, v3rtik4l