El pantallazo azul y el mensaje de proteccion pueden ser por varias causas desde error en el booteo del SO hasta error en los modulos de memoria, mala configuración de bios, error en disco, error en procesador, error en la placa, incluso hasta error en la fuente de poder podria dar un mensaje como el que mencionas.
Si accedes en modo a prueba de fallos, pasa algun antiespias y algun antivirus actualizado, ad-aware, el avast gratuito, etc... yo creo que mejor formatear y salvas tus cosas y listo.
Ten presente que para formatear debes tener a la mano no solo windows sino las aplicaciones, actualizaciones y drivers.
Gracias. En W98 no arranca ni en modo a prueba de fallos. Sólo arranca en sólo símbolo de sistema. Pero anda normalmente en W2000. Lo que pregunté es cómo reinstalar W98 sin perder el doble arranque ni afectar Windows 2000. Los dos sistemas están en discos físicos diferentes.