Si lo haces, después cuando quieras instalarlo deberás copiar ambos cds al disco duro e instalarlo desde él.
La manera más sencilla que tienes es extraer el contenido de la iso y luego copiar los archivos (que irian en el dvd) repartidos en los 2 cds. Puedes usar el isobuster; busca en softopic otros programas para trabajar con isos si lo prefieres.
Saludos
PD: De todos modos no te recomendaría hacer eso.

Mejor sería que lo tuvieses en un dvd como dios manda.