Si lo que quieres es copiar los 3 DVD a uno solo dejando los archivos en el mismo nivel que estarían creo que no vas a poder. Como tú mismo dices, los dvd tendrán muchos archivos con el mismo nombre porque es una forma estándar de almacenar la información para su reproducción.
Si lo quieres para poder reproducirlo en un reproductor doméstico ya puedes abandonar porque no podrás (o al menos eso creo

) pero si lo quieres sólo para usarlo en el pc puedes guardar dentro del dvd las imágenes de los otros y cuando quieras reproducirlos montar las imágenes con algún programa que maneje unidades virtuales. Es una solución un poco absurda pero a falta de otra mejor... yo lo he hecho alguna vez para guardar copias de cd's pequeños porque me daba rabia usar varios cd's para grabar imágenes de menos de 100 MB pero tampoco quería perder información del disco (por si alguna vez lo quería grabar por separado).
Un saludo.