Yo con todos los programas que conozco para borrado seguro de archivos el disco queda perfectamente utilizable, utilizo el borrador seguro de tune up utilities y ningun problema, antes usaba otro que no recuerdo el nombre y ningun problema tampoco.Dudo mucho que pueda haber alguno que te lo deje inservible, seria un atropello.
En cuanto al Deep Freeze es un programa que al reiniciar te deja el pc como lo tenias antes, si se ha instalado algo desaparece.
Mas informacionUn saludo.
PD:Yo no instalaria el Deep Freeze a menos que sea muy necesario, busca deep freeze en el buscador del foro y veras los problemas que puede dar si no se sabe usar.