necesito crear un sistema operativo que bootee desde una memoria usb y cuyo único propósito sea el de ser capaz de reconocer otra memoria usb en otro puerto y de clonarse a si mismo en esta última.

yo te aconsejaria empezar por aqui
http://www.linuxfromscratch.org/
te explican como crear un linux desde 0, después ya puedes hacer tu lo que quieras
o aqui
http://wiki.archlinux.org/index.php/Instal...ux_on_a_USB_key
te explican como instalar archlinux en una llave usb, después de nuevo ya es cosa de hacer scripts por ejemplo.

las paginas estan ambas en ingles