Esta el AVI Subtitler....
El problema del VirtualDub es que te desfasa el audio del video??
Podes tratar de solucionar eso con esta guia:
http://www.mundodivx.info/edicionsimple/sincronizaravi.phpTambien podes simplemente no pegarlos al AVI, sino al MPG mientras se codifica, para eso mira aca:
http://www.mundodivx.info/subtitulos/mpeg.phpO la ultima opcion es usar otro programa de autoria que soporte subtitulos seleccionables, asi no los tenes que pegar en ningun lado. (EJ: DVDLAB Pro)