Hola...
No es necesario que tengas el disquete y el cd al mismo tiempo para instalar el sistema operativo..
Puedes instalarlo directamente con el cd...
Sigue estos pasos:
1_ Entra en el Setup de tu bios... al encender tu pc presiona alguna de estas teclas, fijate hasta dar cual es la correcta... suprimir, delete, f1, f3, esto depende segun el bios que tengas.
2_ entra en la opcion configuracion avanzada (advance setup)
3_Luego en donde dice firts boot device, selecciona la unida de cd
4_ vuelve al menu principal, selecciona exit y guardara la nueva configuracion
5_ al momento de reiniciarse la pc inserta el cd de windows
6_ luego selecciona iniciar instalacion de windows desde cd...
7_ cuando termines con la instalcion vuele al setup, configuracion avanzada, y cambia la unida de cd por la del disco rigido... por ejemplo si estab en cd, cambia a IDE.
Espero haberte ayudado...
Suerte y hasta la proxima...