Si quieres un proyecto vacio, da click en File/New/Project.. y en la ventana que te salga selecciona "Empty Project"
Ya tendras tu proyecto vacio, ahora para agregar un archio .java para escribir tu codigo da click en el menu File/New/File... selecciona la carpeta Java Classes y luego da click en Java Class o Java Applet como desees. ponle nombre y finaliza.
Te aparecera una hoja con un codigo como el siguiente:
CODE
/**
* @(#)clase.java
*
*
* @author robbie
* @version 1.00 2007/4/20
*/
public class clase {
public clase() {
}
}
Puedes borrarlo sin problema y escribir tu programa
Saludos