rioj, tienes toda la razon, ntfs permite ver fat32, mi PC es ntfs y el iPod es fat32, y no pasa eso, todo perfecto y sin problemas.
Seguramente es el Pendrive el que falla, pruebalo en otro PC, como no pesa mucho supongo que no tendras dificultad con eso
Y otro cosa, formatea tu Pendrive al ntfs, es mas sencillo que formateas todo el disco duro, si es que te dejara