Si tu tarjeta capturadora trae cable de audio será por algo, así que úsalo mejor. Dices que tienes el audio integrado en la placa base y además tienes a parte una tarjeta de sonido, en ese caso seguramente será mejor que lo conectes a la tarjeta de sonido, pero puedes probar en la placa base y seguramente el resultado será bueno también. Si te funciona en los dos sitios usa el que quieras, pero seguramente si en un sitio no ha de funcionar sera en la placa base, porque las configuraciones de audio las tendrás puestas para la tarjeta de sonido.
Un saludo.