Tengo un programa que me funciona bajo MS-DOS, mediante un CD de arranque en MS-DOS en un equipo que tiene XP he trabajado sin problema con este programa, pero ahora mi sorpresa es que al tratar de hacer lo mismo en otro ordenador que tiene una particion que a traves de MI PC veo unidad C y unidad E la C tiene los ficheros y la E tiene archivos de servicio. Al entrar con el disco me pone en c lo que hay en E y no tengo ni idea como acceder a la otra carpeta.

¿Que puede estar pasando?

Ese otro ordenador puede tener la partición de C en sistema de archivos NTFS??
Si es así, el DOS no permite visualizar este sistema de archivos y no podrás acceder a él. Por eso pasa de ella (como si no existiera) y te indica en C lo que en realidad tienes en la unidad E. Entiendo que la unidad D es el cd rom o dvd o lo que sea...
Mírate esta página:

www.ntfs.com

que hay formas de acceder desde DOS a particiones NTFS.

Un saludo