Por empesar un conversor que no pierda calidad no existe... por definicion de conversion se pierde calidad, porque en realidad estas comprimiendo.
Uno muy bueno, gratuito y que convierte desde casi todo a todo es el
SUPER.
En cuanto a diferentes AVI, el contenedor es uno solo, AVI hay uno solo, lo que puede cambiar son los formatos del video y audio contenido en el AVI, por ejemplo el video puede ser MPEG4 ASP, MPEG4 AVC, MPEG1, MPEG2, entre otros... hace lo siguiente, pasa tus videos por el GSPOT(lo podes bajar de mi firma) y postea una captura del programa mostrando la info de uno de los videos que no andan, asi vemos que tipo de video y audio contienen.