Si exacto, de esa manera el efecto quedara solo en el trozo que tu has costado y se acabara al llegar al segundo corte.
El unico problema podria ser la transicion cuando comienza el efecto si es que este es muy repentino y al acabar lo mismo. Ya veras tu como queda y si es muy brusco busca alguna transicion o algo que suavice un poco la entrada y salida del efecto, no se si me explico.
Un saludo.