Si te referis a pasarlos a ASF o WMV, que son los dos formatos contenedores de M$(usando como codificacion el formato de video WMV y para el audio WMA), el SUPER que te recomiendan es una exelente opcion. Sin embargo los que ya mencionas son formatos ultra compatibles (AVI y MPEG), para que los queres convertir??
http://www.erightsoft.net/SUPER.html