Nunca tuve que poner en practica el metodo, pero supongo que debe ser bastante inpreciso en cuanto a los frames que elimina, ya que aparenta ser una simple division por 5, claro que el video debe estar codificado con la exacta cantidad de dropframes entre frames suficiente como para que la division salga bien, pero como vos decis algunos igual se pierden.
Quizas estes conviertiendo al Frame rate erroneo, como sabes que no es PAL?? o sea 25?? proba a ver como sale.
En cualquier caso mira este
hilo, donde se trata un problema como el tuyo.
Lo estas pasando a AVI con el XviD no?? y el audio lo extraes del original en MP3 segun puedo ver... una ves tengas el AVI a un framerate normal adjuntale el audio y usa este manual para sincronizar ->
AQUI